Проект реорганизации предусматривает создание 5-ти главных управлений вместо функционирующих на данный момент многочисленных структур организации, который будут заниматься строительством специальных объектов в военных округах и на Северном флоте. Таким образом, в распоряжении Спецстроя останутся только госзакупки, связанные с военной тайной. Все остальные строительные госзаказы Минобороны (дороги, казармы, общежития и др.) будут проводиться в соответствии с федеральной адресной инвестиционной программой. Как утверждают специалисты, такие проекты на сегодняшний день составляют 30-50% портфеля компании (в денежном эквиваленте это 1 трлн рублей).
В Минобороны РФ уверенны, что такие реформы помогут повысить эффективность работы ФГУП "Спецстрой России", так как в последнее время эта организация больше похожа на посредническую коммерческую структуру со слабой ответственностью за качество работы, ее сроки и результат.