Точные сроки выполнения полного объема работ не называются, но известно, что реконструкция пройдет в несколько этапов. На первом этапе отремонтируют 55,6 тыс. кв. м. здания: выполнят противоаварийные работы, отремонтируют кровлю, укрепят несущие стены, а также реконструируют помещения для подразделений гостайны.
Ранее Адмиралтейство уже ремонтировали: в 2013 году обновили фасады, заменили кровлю четырех корпусов, двух павильонов и центральной башни. В общем, отреставрировали 15 тыс. кв. м. кровли, воссоздали 1 тыс. окон и 30 дверей.
На данном этапе планируют отреставрировать внутренние помещения. Согласно плану второго этапа проведения ремонтных работ, реконструкции подлежат больше чем 700 внутренних помещений, в которых в дальнейшем разместят военнослужащих и гражданский персонал главного командования ВМФ.